وعلى الرغم من العلاقة السياسية الصعبة بين البلدين، فإن مصر شريك أمني مهم لإسرائيل. وساعدت في التوصل إلى اتفاق في تشرين الثاني(نوفمبر) يقضي بإطلاق رهائن اختطفتهم إسرائيل مقابل إطلاق سجناء فلسطينيين ووقف إطلاق النار في الصراع.
كما تقاربت الحكومتان في عهد الرئيس عبدالفتاح السيسي، حيث عمل الجانبان معًا ضد الأعداء المشتركين. ووافقت إسرائيل على السماح لمصر بنقل قوات إضافية إلى شمال سيناء لمحاربة “داعش”، في مخالفة لقواعد معاهدة السلام الموقعة في السبعينيات والتي حدت من عدد القوات المسموح بها بالقرب من الحدود.
وشكلت حرب غزة اختباراً للعلاقات على نحو لم يسبق له مثيل منذ سنوات. وأثار قرار مصر بعدم إصدار إدانة رسمية لهجوم 7 تشرين الأول غضب المسؤولين الإسرائيليين. بدأت علامات التحذير مبكرة، عندما أصاب القصف الإسرائيلي معبر رفح الحدودي بين غزة ومصر، مما أدى إلى إصابة مسؤولين أمنيين مصريين.
كما دفعت إسرائيل مصر في الأسابيع الأخيرة إلى قبول وجود عسكري إسرائيلي على طول الحدود بين غزة ومصر والسماح لأفراد إسرائيليين بتسيير دوريات في الأراضي المصرية لقمع ما تقول إنه تهريب أسلحة لحماس. ورفضت مصر الاقتراح باعتباره انتهاكا لسيادتها.
وأضرت الحرب بالعلاقات الاقتصادية والمدنية الهشة. توقفت الرحلات الجوية المباشرة بين القاهرة وتل أبيب. وتوقفت السياحة الإسرائيلية في مصر تقريبًا. كما تم تجميد اجتماعات منظمة الغاز الطبيعي في شرق البحر الأبيض المتوسط، والتي كانت بمثابة حجر الزاوية في العلاقات الاقتصادية التي كانت تعمل على تحسين العلاقات الاقتصادية.
وتشعر مصر بحساسية خاصة تجاه الاقتراحات التي تدعو الفلسطينيين إلى البحث عن ملجأ عبر حدودها. خلال الأسبوع الأول من الحرب، ردت القاهرة بشكل حاد عندما شجع متحدث عسكري إسرائيلي الفلسطينيين على مغادرة غزة عبر الحدود مع مصر للاحتماء هناك.
وتقول مصر إن إسرائيل يجب أن تكون مسؤولة عن مصير السكان المدنيين في الأراضي التي تحتلها. وهي تشعر بالقلق أيضا من أن حماس ومسلحين آخرين قد يدخلون مع اللاجئين المدنيين مما يثير خطرا أمنيا في بلد يشكك منذ فترة طويلة في الحركات الإسلامية.
ومع ذلك، واصل نتنياهو الضغط على مصر لقبول أعداد كبيرة من اللاجئين الفلسطينيين، وفقاً لمسؤولين مصريين يقولون إن السيسي والجنرالات شعروا بالقلق من حديث سياسيين ووسائل إعلام إسرائيلية في تشرين الثاني عن ضرورة نقل سكان غزة قسراً إلى مصر. ولم تجد المخابرات العسكرية المصرية أي دليل على وجود خطة لطرد الفلسطينيين، لكن التصريحات أقنعت الحكومة المصرية بوجود مثل هذا البرنامج الإسرائيلي السري.